時は崇神（すじん）天皇（てんのう）の時代。 祭神・日本（やまと）大国魂（おおくにたまの）大神（おおかみ）は、天皇によって天照（あまてらす）大神（おおかみ）とともに国土の守護神として宮中にまつられていた。 しかし、この二神の力の強いことを恐れた天皇は、同じ敷地内に両者をまつることに不安を覚え、２人の内親王にそれぞれの神を託した。 日本大国魂大神はその１人、淳名城入姫（ぬなきいりひめ）命に託されて穴磯邑（あなしむら）（大和郷）にまつられることになった。 それが大和神社の起源だとされる。

　『日本書紀』によれば、淳名城入姫命はその後、髪が抜け、やせ細ってしまい、まつることができなくなったとのこと。 神の霊力の強さが感じられる。 その後、いくつかの地を経て、現在の地に鎮座したようだ。

　境内は広大で森に包まれている。 面積は７６万平方メートル、東京ドーム１６個分に相等するというから驚きだ。 現在の神域は、一の鳥居から西へ約２７０メートルの参道が続き、その先に社殿が広がる。 細長い壺のような形状をしているが、かつては８００メートル四方を超える広さがあったといい、「四至（しいし）の固め」として神域の四隅それぞれに境界を守る神社があった。