寺伝によれば、延暦二十四年（八〇五）桓武天皇の勅命によって伝教大師（最澄）を開基として創建されたと伝わる。 当初は天台宗の寺院であったが、室町時代初期に国阿（こくあ）上人が中興してから時宗に改められた。 本尊に准胝（じゅんてい）観音像を祀り、洛陽三十三観音霊場の第七番札所でもある。

　一条天皇の時（九八六〜一〇一一）に巨勢広高（こせのひろたか）という絵師が当寺で地獄変相の壁画を描いたことが今昔物語にみえており、文治元年（一一八五）安徳天皇の生母、建礼門院が僧　印誓（いんせい）について剃髪されたところでもある。 また法然上人の弟子隆寛（りゅうかん）がここに住み念仏を広めた。 当時はこれを長楽寺流と呼ぶほどに世間に知れ渡っていた。 昔は祇園や清水と並んで花の名所と謳われ、多くの文人や画家が訪れたところである。

　寺宝には、一遍（いっぺん）上人像を含め七人の上人像（全て重要文化財）、一遍（いっぺん）（宗祖）、真教（しんきょう）（二祖）、一鎮（いっちん）（遊行六代）、尊明（そんめい）（遊行十三代）、太空（たいくう）（遊行十四代）、尊恵（そんえ）（遊行十五代）、暉幽（きゆう）（遊行十七代）の諸像や建礼門院御遺宝、相阿弥（そうあみ）作と伝わる庭園がある。 また、境内山上の墓地には、江戸時代後期の歴史家頼山陽（らいさんよう）やその子頼三樹三郎（らいみきさぶろう）、水戸烈士の墓もある。