今からおよそ一三〇〇年前の白鳳時代（はくほうじだい）、当地付近に本拠地をおいた豪族（ごうぞく）が五重塔（ごじゅうのとう）や金堂などの荘厳な仏教建築を造営しました。 この建物は、長岡京の時代に入ると国家が管理する大寺院に整備されました。 『日本紀略（にほんきりゃく）』にみえる大同（だいどう）五（八一〇）年、嵯峨（さが）天皇の病気回復を祈願（きがん）した「長岡寺（ながおかでら）」は当寺院のことであったと思われます。 別名を「願徳寺（がんとくじ）」といい、鎌倉時代には宝菩提院が併設（へいせつ）され、以降は天台密教の道場として発展しました。 織田信長（おだのぶなが）の兵火（へいか）による焼亡（しょうぼう）を経て慶長（けいちょう）八（一六〇三）年に再興しましたが、昭和三十九（一九六四）年に廃寺となりました。 そして、昭和四十八（一九七三）年京都市西京区において再建されました。

発掘調査で確認された寺院の遺構のなかで、平成十五（二〇〇三）年に発見された平安時代の湯屋（ゆや）跡はわが国最古の入浴施設として大変注目されます。 東西七・四メートル、南北二・七メートルの掘立柱（ほったてばしら）建物（たてもの）内に設けられた直径一・七メートルの大形竈（かまど）跡には鉄釜を据（す）えて湯が沸（わ）かされ、幅約四メートルの方形（ほうけい）石敷（いしじき）遺構（いこう）の上では、湯浴（ゆあ）みがおこなわれていたとみられます。 隣接して井戸や排水溝（はいすいみぞ）が備（そな）わり、現存する寺院の浴室や中世の絵巻物にみえる湯屋と共通するところが多くあります。 本尊であった国宝の木造菩薩（ぼさつ）半跏像（はんかぞう）（伝如意輪（にょいりん）観世音（かんぜのん））と同じ時代の遺構でもあります。 当時の僧侶たちは仏事法会（ほうえ）の前にはこの湯屋で汗や汚れを洗い流して心身（しんしん）を清浄にしていたものと思われます。