護法山（ごほうざん）と号する天台宗の門跡（もんぜき）寺院で、春の枝垂（しだれ）桜と秋の紅葉が美しい山科の名刹として知られる。

　寺伝によれば、大宝三年（七〇三）に上京区の相国寺の北に創建された出雲寺（いずもじ）が起こりと伝えられ、延暦年間（七八二〜八〇五）に最澄（伝教大師）が自ら作った毘沙門天を安置したことから、毘沙門堂と呼ばれるようになったという。

　平安末期以降、度重なる戦乱で荒廃したが、天台宗の僧・天海（てんかい）とその遺志を継いだ弟子の公海（こうかい）により、江戸時代の寛文五年（一六六五）に現在地に再建された。 その後、後西（ごさい）天皇の皇子・公弁法親王（こうべんほっしんのう）が入寺し、以来、皇族や摂関家（せっかんけ）の子弟が門主を務める「門跡寺院」となった。

　正面の本堂に本尊の毘沙門天が祀（まつ）られている。 左奥の宸殿（しんでん）は後西天皇の旧殿を賜ったもので、狩野益信（かのうますのぶ）の筆による、見る角度によって目や顔の向きが変わる「天井の龍」や、逆遠近法で描かれた「九老之図」などの襖絵が有名である。 その奥には晩翠園（ばんすいえん）と名付けられた池泉（ちせん）回遊式庭園がある。