奈良・吉野の山中に鎮まる丹生川上神社。 創祀は６７５年。 平安時代の法令集『類聚（るいじゅ）三代格（さんだいきゃく）』によれば、「人の声の聞こえない深山・吉野の川上にわが宮を建ててまつれば、天下のために甘雨（うましあめ）を降らせ、霖雨（ながあめ）を止めよう」との神託を受け、天武天皇が創建した。

　祭神・罔象女（みづはのめの）神（かみ）は水をつかさどる神であり、丹生川上神社は、雨師（あまし）明神（みょうじん）とも称され、祈雨・止雨の神として朝廷から尊崇を受けた。 その際、供え物とともに、祈雨には黒馬、止雨には白馬（または赤馬）が献上されたという。 平安期には、京都の貴船神社とともに厚く信仰されており、７６３年から応仁の乱のあった１４６７年までの間に朝廷による祈雨止雨の祈願が９６回行なわれたことが記録に残されている。

　しかし戦国時代に入ると祈願は中断。 神社の所在地すらわからなくなってしまう。明治維新後の調査で１８７１年に丹生村（現在の下市町）にある神社が丹生川上神社とされるも、４年後の１８７５年には過去の文献との食い違いが発覚。 川上村の神社が本来の丹生川上神社だとし、前者を「下社（しもしゃ）」、後者を「上社（かみしゃ）」と改めることとなった。

　ところが、１９１５年に東吉野村の蟻通（ありとおし）神社こそが真の丹生川上神社とする説が唱えられ、内務省の調査により１９２２年にそのことが確定。 以降、３社合わせて丹生川上神社とし、蟻通神社だった丹生川上神社を「中社（なかしゃ）」に、社務所も中社に置かれることとなった。 戦後、３社はそれぞれ独立。 中社は丹生川上神社と社名を改めた。