京都市の北方、鞍馬川に流れる貴船川上流に建つ。 周囲は木々が鬱蒼（うっそう）と茂り、夏でもいくぶん涼しい。 祭神・高龗神（たかおかみのかみ）は水をつかさどる神。 伊邪那美（いざなみの）命（みこと）は、火の神・軻遇突智（かぐつち）を産んだ際の火傷が原因で亡くなるが、その死を悲しんだ伊弉諾（いざなぎの）尊（みこと）が軻遇突智を斬った時の現れた三神が雷神と山の神・大山祇（おおやまつみの）神（かみ）、そして貴船神社の祭神である高龗神だと『日本書紀』に書かれている。

　社名の「貴船」にはさまざまないわれがあるが、由緒書によれば、万物のエネルギーである「気」が生ずる根源の地という意味の「氣生根（きふね）」に由来するという。 また、神武天皇の母、玉依姫（たまよりひめの）命（みこと）が水源を求めて鴨川をさかのぼってこの地を訪れた際に、黄色の船に乗っていたことからこの名がついたという説もある。 いずれにせよ、水の神をまつる清らかな神社であることから、地名としては「きぶね」と濁るが、社名としては「きふね」と濁らずに発音する。

　社殿は、本宮（ほんぐう）、結社（ゆいのやしろ）、奥宮（おくみや）の３カ所に分かれており、先の伝説で玉依姫命がたどり着いた創建の地は奥宮。 玉依姫命の船を包み込んだとされる船形石があり、周囲の小石は航海安全のご利益があるといわれている。 創建の時期については定かでないが、６６６年にはすでに社殿を改修したとの記録が残されているから、それよりも前からこの地に存在していたことがわかる。