円通山と号する真言宗単立の寺で、空海（弘法大師）の開基と伝えられる。 もとは長福寺といい、豊臣秀吉が深くこの寺を信奉したのを初め、武家の信仰も厚かったとされる。

　江戸時代はじめ、この近くに薩摩藩（現在の鹿児島県）邸が置かれ、薩摩藩主・島津家の守り本尊「出世大黒天」と同じ大黒天が当寺に祀られていたことから、一六一五年に薩摩藩の祈願所と定められ、大黒点を本尊として、寺名も大黒寺と改められた。 通称「薩摩寺」とも呼ばれた。

　本尊・秘仏大黒天は、金張（きんばり）の厨子（ずし）に安置された小さな像で、六十年に一度、甲子（きのえね）の年に開帳される。

　幕末に西郷隆盛が建てたという、有馬新七ら寺田屋事件で犠牲となった九烈士（きゅうれっし）の墓碑をはじめ、伏見義民の文珠九助（もんじゅうきゅうすけ）、木曽川治水工事の犠牲となった薩摩藩家老・平田靱負（ゆきえ）の墓、また、「金運清水（しみず）」と命名された井戸がある。