両社は「賀茂社」、あるいは「賀茂神社」と総称される。 賀茂川の上流にあるのが賀茂別雷神社、通称・上賀茂（かみがも）神社。 下流にあるのが賀茂御祖神社、通称・下鴨（しもがも）神社だ。

　下鴨神社の東殿にまつられる賀茂（かも）建角身（たけつぬみの）命（みこと）は、神武東征の際、神武天皇を熊野（和歌山県南部、三重県南西部）から大和（奈良県）へ先導したことで知られ、その功績から〝八咫烏（やたがらす）〟と呼ばれた神。 また、西殿にまつられる玉依媛（たまよりひめの）命（みこと）はその娘だ。

　上賀茂神社の神・賀茂別雷大神は賀茂（かも）玉依比売（たまよりひめの）命（みこと）（玉依媛命）の子。 すなわち、賀茂建角身命の孫にあたる。 平安時代に著された氏族の出自をまとめた書物『新撰（しんせん）姓氏録（しょうじろく）』によれば、賀茂建角身命は賀茂氏の始祖。 つまり、賀茂神社は一族の始祖をまつる賀茂氏の氏神だった。 両社がいつ、どのように上下に分かれたかについてははっきりしない。

　賀茂氏は日本に土木や農耕などさまざまな技術をもたらし、たたら製鉄による銅鐸（どうたく）づくりを広めたという説もある。 そのためか、朝廷の祭祀に関わっていた。 平安遷都の際には桓武天皇も参拝し、８０７（大同２）年には伊勢神宮に次ぐ地位になって、正一位が与えられた。