曼殊院門跡、いかにも艶めかしい響のする呼び名である。 「曼殊（まんしゅ）」とはMañjuの訳で、意味は「妙楽」とか「愛楽」即ち妙なる楽しみ、愛らしい楽しみと云うことになるようである。 やさしい、奥ゆかしい、美しい、理想的な、本当に優れた楽しみ、そのような内容を表わしているのである。

　また、門跡とは御門（みかど）の跡、一門の法跡、帝の後と云う意味で、天皇や皇族が、住職となられた寺院のことを指すのである。

　この寺は、伝教大師が延暦年間、比叡山に一坊を建てられたのがはじまりと云われ、降って是算国師のとき、西塔北渓に移し「東尾坊」と呼んだ。 是算国師以前のことは、明確でないので、是算国師を第一世とし、現門跡^[1]は第四十世にあたる。 天暦年間（９４７〜５６）に北野神社が造られ、是算国師が別当に任じられてから、明治維新まで、九百年間、曼殊院門跡が北野神社の社務を管理してきた。 天仁年間（１１０８〜９）に忠尋大僧正が寺号を「曼殊院」と改め、後、北山や京都御所の傍にかわり、明暦二年にこの地に移り今に至っている。

　高野山明王院の赤不動、京都粟田口青蓮院の青不動、大津三井寺の黄不動を三不動と云うが、三井寺の黄不動は、人目に触れることを許されず、秘仏として保存されている。 曼殊院の黄不動は、三井寺のものを、平安後期に写したもので、新国宝に指定されている。