聖護院門跡は、本山修験宗（山伏）の総本山で、寛治四年（１０９０）に増誉（ぞうよ）大僧正（１０３２〜１１１６）が開かれたものである。

　本山修験は、今から約千三百年前、役小角（えんのおづぬ）（役行者（えんのぎょうじゃ）、または神変大菩薩（じんべんだいぼさつ）と呼ぶ）がはじめたもので、神道、儒教、仏教の三つの思想を融合一体とし、広く一切の信仰を包容、出家、在家の分け隔てをしない宗旨で、実に庶民的なものと云える。 修験と云うのは、実修得験を意味し、理論より実践に重きをおいた宗旨である。 即ち、山岳信仰と云われる通り、山に登って、自然の中に身を置き、苦行を積んで身体を鍛え、合せてそこに仏心を求め、現世に理想社会、極楽浄土を築こうとするものである。 まさに修行の体験によって徳を験（あら）わすのである。

　この寺には、本尊の不動明王二体（智証大師作、重文）智証大師像（重文）不動明王及び神変大菩薩の古画（智証大師筆）がお祀りしてあり、後陽成天皇の御消息文（重文）等のほか、後花園天皇はじめ各天皇の御宸翰、探幽の軸、永俊の襖絵、元信、永徳、永信の屏風等、狩野派の障壁画と共に数百点にのぼる文化財が保存されている。