近畿三十六不動尊霊場の中で、尼僧さんが住職をされている寺、尼寺はこの岩屋寺ただ一ヵ寺である。 まさに紅一点である。

　当山は、度重なる兵火のため資料が散逸し、確実なことは分からないが、開創は平安の昔にさかのぼり、比叡山三千坊の一つであったと伝えられ、また近くの真言宗勧修寺の末寺で大厳寺とも呼ばれていたようである。

　当寺に隣接する山科神社は、もと式内神社と云い、日本武尊（やまとたけるのみこと）及び雄略天皇を祀り、巌屋大明神と称し、今からおよそ千百年前に創建されたものであって、岩屋寺はその神宮寺であったので、当寺と山科神社とは、栄枯盛衰を共にして来たものと思われる。

　現本堂は、文久年間（１８６１〜４）のものであり、この寺の本尊不動明王は、大石良雄の念持仏で、三井寺の開山智証大師の作と伝えられ、現在秘仏とされている。 また、四十七士の木像や位牌も祀られ、大石良雄等の遺品も多く保存され、大石寺と別名されるにふさわしい寺である。