当神社は平安時代十二世紀の初め、鳥羽天皇の永久元年（一一一三年）二月に、久我家の祖右大臣源雅実（みなもとのまさざね）公が、奈良の春日大明神から、藤原氏の祖神、天児屋根命（あめのこやねのみこと）を勧請し、源氏の守護神として火止津目（ひしづめ）大明神を崇め奉ったことに始まる。

　華（はな）やかな御遷（せん）宮が行はれたことは、

千種（ちくさ）の花を　手につみいれて
　御所へ参らせ　御所へ参らせ

と、はやされた当時の古歌からも偲ばれる。

　御鎮座当時は、広大な神領社殿があったが、桂川の大洪水におかされ久寿元年（一一五四年）には字を菱妻（ひしづま）大明神と改められ、以来今日まで久我の郷の鎮守の杜として、又学問運[動?]上達の神として御神徳が高い。