御鎮座地長岡は、菅原道真（すがわらのみちざね）公が御生前に在原業平（ありわらのなりひら）らとともに、しばしば遊んで詩歌管弦を楽しまれたゆかり深いところである。 公が太宰府へ左遷された時、この地にお立寄りになり「わが魂長くこの地にとどまるべし」と名残を惜しまれた縁故によって、公御自作の木像をお祀（まつ）りしたのが当神社の創立である。

　爾来（じらい）皇室の崇敬篤く度々の御寄進御造営をうけ、寛永十五年（一六三八）には八条宮（はちじょうのみや）智仁親王（としひとしんのう）によって八条が池が築造された。 中堤両側には樹齢百数十年のきりしまつつじが多数植えられており、その見事さはわが国随一と言われ、花の季節には観光客で賑わう。 現在の本殿は、昭和十六年に京都の平安神宮の本殿を移築したものである。