当山は代々勅願道場として栄え、西の祖山（そざん）とも呼ばれて、数代に及ぶ天皇の綸旨（りんじ）十余通を所蔵している。 比叡山延暦寺を御所の艮（うしとら）（東北）とすれば、大光山本圀寺は坤（ひつじさる）（西南）にあたり、皇室鎮護の祈願所たる権威は、その配置によってもうかがい知ることができる。 鎌倉より京都に移転して旧末寺六百余の六条門流の基を開いた当山の再移転復興には、全宗門の期待と支援の声が寄せられた。大本山妙顕寺の四条門流と双輪して史上に赫々（かっかく）たる法勲を遺した往時から、今や新しい法運隆昌（りゅうしょう）の時代を迎えようとしている。

　縁起 　当寺は京洛における日蓮宗の巨刹として、帝都弘教（ぐきょう）に重きをなした寺であるが、建長五年（一二五三）八月、宗祖が鎌倉名越（なごえ）の松葉谷（まつばがやつ）に草庵を構えて、法華堂と称したのがその創まりであった。 この法華堂が創設されて、数年後に伊豆の法難が起こったのであるが、弘長三年（一二六三）五月、ご赦免となってこの草庵に立ち戻られると山号を大光山、寺号を本国土妙寺と称されたといい、宗門史上で最も初期の寺となった。 ご法難のために出入りはあったが、宗祖ご生涯中の布教伝道の中心となる二十二年にわたる立正安国（りっしょうあんこく）の国諫（こっかん）運動を展開された最も大切な布教の道場である。 宗祖の身延入山及びご入滅後は、日朗（にちろう）・日印（にちいん）・日静（にちじょう）の各上人（しょうにん）がときの政治の中心地・鎌倉にあって護持継承。 幕府の強圧と闘いながら正法宣布（しょうぼうせんぷ）の使命遂行にあたられた。

　やがて北条幕府が滅び、政治が鎌倉から京都に移って貞和元年（一三四五）三月、日静上人のとき、この霊跡大光山は光厳（こうごん）天皇の勅諚（ちょくじょう）により、京都六条の地に東西二町、南北六町にわたる広大な永代寺領を賜り、鎌倉松葉谷から京都へ国禱護国（こくとうごこく）の大道場本圀寺として移遷されるに至った。

　日静上人の後を継いだ五世日伝（にちでん）上人から後は六条門流の隆盛期であって、法運は年と共に栄えたが、絢爛（じゅんらん）たる僧房も天文（てんもん）の法乱、天明（てんめい）の大火（たいか）で被害を受けた。 とはいえ、後代に日禎（にってい）・日圓（にちえん）・日解（にちげ）・日陵（にちりょう）・日隆（にちりゅう）、また日重（にちじゅう）・日乾（にちけん）・日遠（にちおん）の三師、莚師法縁（えんしほうえん）の祖日莚（にちえん）、達師（たっし）法縁の祖日達（にちだつ）、脱師（だっし）法縁の祖日脱（にちだつ）の諸上人、三村日修（みむらにっしゅう）・旭日苗（あさひにちみょう）等の諸先師が、当山及びその求法檀林（ぐほうだんりん）の法座より起ち、宗門史上に不滅の法勲をのこしている。 なお、伝師の資日秀上人は本満寺を、圓師の資日堯（にちぎょう）上人、日澄上人は韮山（にらやま）本立寺を創建され、また、身延山法主（ほっす）、中村檀林化主（けしゅ）の歴代先師も数多く輩出している。

　現況 　宗祖は入滅に先立つ弘安五年（一二八二）十月三日に、本師堂奉安の「立像釈尊（りゅうぞうしゃくそん）像」（聖人が四大法難克服のご生涯のご持仏で、現当二世の諸願を成就せしめ、蘇生の霊験あらたかと伝えられる）、「三赦免状」（伊豆・龍ノ口・佐渡の法難を立証する重要な許状）、そして『立正安国論』（本圀寺所蔵本は聖人がご生涯御所持の宗祖ご真筆広本）を正嫡付法（しょうちゃくふほう）の譲状（ゆずりじょう）とともに日朗上人に授与された。 これが当山の「三箇の霊宝」である。

　山科（やましな）の境内（けいだい）は琵琶湖より引く疎水（そすい）の岸に添って、東山を背にした山紫水明（さんしすいめい）の寂境（じゃっきょう）である。 天智天皇の御陵と並び、桜並木と美しい幹の松林に包まれており、新たな大本山本圀寺の寺地にふさわしい。