日蓮上人から京都弘通（ぐづう）を遺命された日像上人（にちぞうしょうにん）を開祖とし、北龍華（きたりゅうげ）と称する。 京都の妙顕寺（みょうけんじ）、立本寺（りゅうほんじ）とともに三具足山（みつぐそくさん）という。

　上人ご臨終の折、枕辺で直々に京都弘通の遺命を受けた日像上人は、時期熟したと決意するや極寒の海で百日間の荒行（あらぎょう）の後、京都への途についた。 三黜三赦（さんちつさんしゃ）の法難の末、ついに元亨元年（一三二一）、後醍醐天皇より龍華院妙顕寺と法華宗の綸旨（りんじ）を賜り帝都開教を果たされた。

　縁起 　日像上人の後、妙顕寺は妙実（みょうじつ）上人、朗源僧都（ろうげんそうず）にその法統が伝えられたが、僧都の遷化（せんげ）により後嗣（こうし）問題が起こった。 龍華院日実（にちじつ）上人は妙顕寺より離れ、永和四年（一三七八）四条大宮の地に妙覺寺を開創、自らを第六世とした。 文明十五年（一四八三）十三世日住（にちじゅう）上人の代、将軍足利義尚の命により室町西二条へ移転した。 山内塔頭（たっちゅう）百余、末寺（まつじ）一千ヵ寺と称されたのはこのころである。 しかし、天文五年（一五三六）、京都法華宗を震撼させた天文法華（てんもんほっけ）の乱により、京都二十一カ本山はことごとく焼失し、十七世日兆（にっちょう）上人も霊宝を奉持（ぶじ）して堺へ避難の途次、殉教された。

　天文十一年（一五四二）帰洛の勅許が出され、妙覺寺は同十七年（一五四八）旧地へ復興した。 十九世日饒（にちにょう）上人が斉藤道三の子息であったことから、織田信長の宿ともなり、千利休の茶頭で大茶会も催された。 二十世日典（にちでん）上人の代、豊臣秀吉の洛中整理令により現在地へ移転。 その後、不受不施（ふじゅふせ）の禁止によって妙覺寺は大きな影響を受け、勢力が分断された時代もあったが、公家出身の貫首（かんじゅ）の晋山（しんざん）などにより、公家の信仰を得るに及び発展した。

　現況 　本堂には一塔両尊四士（いっとうりょうそんしし）を安置。 祖師堂には、鎌倉時代から室町時代に造立された日蓮上人・日朗（にちろう）・日像（にちぞう）上人の尊像を祀（まつ）る。 天明八年（一七八八）の大火により華芳塔堂と聚楽第（じゅらくだい）の裏門を移した大門以外の諸堂を焼失したが、歴代貫首の丹精によって今日の寺観に整えられた。 近年、話題になっている法姿園は、前庭・中庭・後庭に分かれる見事な庭園で、新緑と紅葉の季節はことに美しく、訪れる人が絶えない。