当山は妙顕寺、妙覺寺と山号を同じくし、三具足山（みつぐそくさん）の一つとして日像上人（にちぞうしょうにん）直系、ご開山の本山（ほんざん）である。 松ヶ崎檀林（だんりん）と歴代一体の関係にあり、檀林開創者・教蔵院日生（にっしょう）上人は当山十二世であり、多くの檀林化主（けしゅ）が当山住持となっている。 二十世日審（にっしん）上人は、釈尊（しゃくそん）十大弟子で説法第一と呼ばれた富楼那（ふるな）の生まれ変わりといわれ、説法二万座・曼荼羅図顕（まんだらずけん）十万余幅・受戒入信者九万余人と伝えられ、その出生については幽霊飴伝説もいつか生まれ、その御影（みえい）像は宗門屈指の子安鬼子母神（こやすきしもじん）とともに安産・子育て守護の篤（あつ）い信仰を集めている。 また深草元政（ふかくさげんせい）上人から「持戒第一の人」と尊敬された本覚院日英上人、近世の学徳と称される立正大学初代学長・心玄院日法上人等、名僧碩学（せきがく）を多く輩出している。

　縁起 　妙顕寺と同じ四条門流に属する当山は、玄式日実（にちじつ）上人を開山としているが、日像上人が四条櫛笥（くしげ）に妙顕寺を草創したことに由来する。 すなわち、妙顕寺は六世日霽（にっせい）上人のとき、嘉慶元年（一三八七）に叡山僧徒の襲撃を受け、若狭の国に難を避けて移った。 明徳四年（一三九三）＜または同元年＞に足利義満は三条坊門に寺領を与え、再興を許した。 しかし、弟子の日実上人は四条櫛笥の地が日像上人に有縁の地であることから、日像上人開眼の鬼子母神ならびに十羅刹女（らせつにょ）を祀（まつ）り、改めて後小松帝より綸旨（りんじ）を賜り、堂宇を建立、”本を立てた”ことから立本寺と称したのが当山の起源という。 また一説によれば三条坊門に復興された妙顕寺が、応永二十年（一四一三）に再び破毀（はき）されたため、丹波に難を避けた月明（がつみょう）上人は妙光房を都へ留め、再興にあたらせた。 京都の有力商人であった柳の酒屋・小袖屋などの寄附を得て四条櫛笥の地に堂宇を建立、立本寺と改めたと。 宝永五年（一七〇八）の京都大火災のために現在地に移った。

　現況 　現堂宇は宝永五年後の再建。 十五間四面、円柱総欅造りの本堂は延享年間（一七四四〜四八）に建立されたもの。 その西南に位置する祖師堂は、それ以前、天和年間（一六八一〜八四）のものであり、梁間（はりま）が八間の重層建造物。 そのほか、文化八年（一八一一）建立の刹堂、元禄年間（一六八八〜一七〇四）建立の開山碑堂・経蔵堂がある。